Ook in de oorlogsjaren nam het leerlingental toe: van 269 in 1940 tot 349 in de cursus 1944/1945. In het laatste oorlogsjaar waren de omstandigheden zo bar dat van die 349 leerlingen slechts een kwart de lessen met regelmaat volgde.
In 1940 wordt in de leraarsvergadering de "kwestie van de politieke uitingen in de klassen" besproken. "Na eenige discussie blijkt men het eens te zijn over de wenschelijkheid hierin zooveel mogelijk matiging te betrachten".
Onder de ouders was aanvankelijk kennelijk verdeeldheid over de rechtmatigheid van het Duitse gezag. De school werd met kritiek bestookt zodat de rector zich genoodzaakt zag de volgende verklaring in de notulen te laten opnemen:
"In het belang van een goeden gang van zaken is het noodig dat de leeraren in hun lesuren zich strikt bepalen tot hun lessen; met name dat zij op geen enkele wijze de politieke verhoudingen aanroeren. Daarenboven moeten allen zich onthouden zoolang zij in de school zijn, dus ook in de leraarskamer, van alle twistgesprekken over de politieke verhoudingen".
Al aan het begin van de oorlog werd de school geconfronteerd met geweld: op 11 juli 1940 ontplofte er een bom naast de school. Gelukkig vielen er geen slachtoffers. Er waren alleen mondelinge examens in een ander deel van het gebouw. Al voor de oorlog was uitbreiding van het schoolgebouw aangevraagd. Tijdens de oorlog kon daarvan niets komen en na de oorlog werd de prioriteit zo bij de woningbouw gelegd dat het tot 1950 duurde voor de uitbreiding werd gerealiseerd. Interne problemen werden wel aangepakt: "In verband met de aanhoudende klachten over het kwalijk rieken der in het schaftlokaal (zoals toen de leerlingenkantine nog heette) aanwezige urinoirs, wordt besloten door de architect Vixseboxse te doen nagaan, op welke wijze hierin verbetering is aan te brengen".
Al in 1941 gingen de treinen minder lopen en daarom werd besloten de school pas om 09.15 uur te laten beginnen. Later eindigden de lessen ook eerder om zo te voorkomen dat leerlingen 's winters in schemertijd moesten reizen: juist dan werden luchtaanvallen op treinen uitgevoerd.
De invloed van de bezetter begon duidelijk te worden: boeken met anti-Duitse strekking moesten uit de bibliotheek verwijderd worden, bepaalde insignes mochten niet meer worden gedragen en beeltenissen van leden van de koninklijke familie dienden van de wand gehaald te worden.
Er werd een provinciale gemachtigde aangesteld "belast met het doen van onderzoekingen naar gedragingen van leerkrachten, welke gevaar kunnen opleveren voor het handhaven van de orde en rust in de scholen".
De burgemeester van Almelo gaf in overweging "zulks met het oog op eventuele provocatie, de vóór het schoolgebouw aangebrachte vlaggestok te doen verwijderen voor den duur der bestaande bijzondere omstandigheden". Het bestuur deelde de burgemeester mee dat niet te zullen doen.
Ook kreeg de school opdracht bepaalde de bezetter onwelgevallige pagina's uit boeken te verwijderen en vervangende pagina's aan te brengen op kosten van de ouders. In september 1941 was er al een extra leraarsvergadering "met het doel de moeilijkheden onder oogen te zien, voor welke de komende wintermaanden met lichtrantsoeneering en kolennood ons zonder twijfel zullen plaatsen".
Afgesproken werd dat er in de les harder gewerkt moest worden en dat iedere leraar voorzichtig zou zijn met de hoeveelheid huiswerk.
Tijdens de rapportvergaderingen werd - en dat zou tot 1947 duren - gerept over de moeilijke tijdsomstandigheden die de leerlingen hinderde goed te studeren. De moeilijke tijdsomstandigheden hadden kennelijk geen positieve invloed op het taalgebruik: "De heer Van Leeuwen is ter oore gekomen, dat verschillende leerlingen van het Lyceum zich bezondigen aan vloeken. De Voorzitter drukt alle aanwezigen op het hart er voor te waken, dat dit kwaad gesignaleerd wordt":
In de kerstvakantie 1942/1943 kreeg de school één dag de tijd het gebouw te ontruimen. Vooral de oudere leerlingen zetten zich geweldig in en vervoerden de complete inventaris naar pakhuizen in de stad.
Pas op 19 januari konden de lessen worden hervat: de Rijks-HBS bood onderdak en van beide scholen volgden de leerlingen een 35-minutenrooster. De Lyceumleerlingen gingen op maandag, dinsdag en woensdag 's morgens naar school en op donderdag en vrijdag 's middags. Gymnastiek en tekenen werden niet meer gegeven.
Dat de Rijks-HBS ook toen al een meer "stadse" school was bleek uit het schoeisel van de Lyceum-leerlingen: "Enkele klompen kunnen getolereerd worden; mochten echter verscheidene leerlingen dit schoeisel gaan dragen dan zou de directeur van de Rijks-HBS graag zien dat ze hun klompen uittrokken, alvorens de klassen te betreden".
Eind februari kon het Lyceumsgebouw weer betrokken worden, maar half maart 1943 werd het gebouw van de Rijks-HBS gevorderd en trok die in bij het Lyceum. De lessen werden weer 35 minuten lang.
Per september 1942 startte de school voor de tweede keer (de eerste keer in 1924/1925) met een HBS-A-afdeling die nu levensvatbaar bleek.
Ook kreeg de school de mogelijkheid van het Ministerie aangeboden Italiaans als vierde moderne vreemde taal te introduceren; het bestuur antwoordde koeltjes dat van de geboden mogelijkheid geen gebruik zou worden gemaakt.
Het bestuur nam een zeer principiële houding aan ten aanzien van het verzoek "opgave te doen van het aantal leerlingen van Joodschen bloede". Omdat het doel eigenlijk was leerlingen van school te verwijderen, had het bestuur daartegen ernstige gewetensbezwaren. "Onze vereeniging heeft tot doel het geven van Middelbaar en Voorbereidend Hooger Onderwijs op Christelijke grondslag aan alle kinderen van ouders, welke onderwijs in dezen geest begeeren en op grond hiervan kunnen wij niet aan het verzoek voldoen".
Ook het verzoek om Hebreeuws van de lessentabel af te voeren, werd niet door het bestuur gehonoreerd. Na herhaald bericht van het Ministerie van Opvoeding, Wetenschap en Kultuurbescherming werd het vak op papier geschrapt, maar wel gegeven.
In november 1943 overleed op 57-jarige leeftijd de eerste rector, Dr. J. Bruin, aan de gevolgen van een hersenbloeding. In verband met mogelijke inmenging van de bezetter in de benoemingsprocedure besloot het bestuur voorlopig geen opvolger te benoemen, maar aan conrector M.W. van Leeuwen de leiding van de school op te dragen.
Er was steeds vaker sprake van luchtalarm. Het bestuur besloot dan ook uit veiligheidsoverwegingen op een paar "zwakke" plaatsen rond het schoolgebouw met zand gevulde bekistingen te laten aanbrengen om zo granaatinslag te voorkomen.
In deze periode van schaarste (ook aan tabak) werd voor het eerst tijdens een leraarsvergadering gewezen op "het ongewenschte van rooken in de klas". Ook deden twee leraren een voorstel klasseleraren aan te wijzen. "De Voorzitter acht het niet noodig officieel voor elke klas een klasseleraar aan te stellen.
Incidenteel zal hij wel nu en dan een beroep doen op een van de collega's". Het was nog steeds de tijd dat de Rector de contacten met de ouders, dat wil zeggen de vader onderhield.
In het laatste oorlogsjaar kwam van een sluitend lesrooster niets terecht. In september 1944 werd de school gevorderd en werden de leerlingen gastvrij opgenomen door de RK ULO in de Noorderstraat.
Toen ook dit gebouw werd gevorderd, kreeg de school twee uur per dag de beschikking over 5 lokalen in het Parochiehuis. Vandaar werd verhuisd naar school A in de Hofstraat; de laatste huisvesting was in de Wilhelminaschool op de Hagengracht en in de kerkeraadskamer van de Gereformeerde Kerk in het Molenkamppark.
Er werden 3 lessen per dag gegeven van 40 minuten. Gemiddeld bezocht maar een kwart van de leerlingen de lessen: in verband met het gevaar van razzia's bleven zeker de oudste leerlingen thuis. Buitenleerlingen kwamen al helemaal niet: er was geen openbaar vervoer, fietsen waren gevorderd en het gevaar van beschietingen vanuit de lucht was groot. De buitenleerlingen kregen taken opgedragen, maar het nuttig effect daarvan bleek niet zo groot. De eindexamenkandidaten kregen in kleine groepjes les in de huiskamers van docenten of ouders. Tijdens vorstperiodes was het te koud om les te geven.
Op 4 april 1945 werd Almelo bevrijd, 5 weken later kwamen de lessen van de klassen 3 en hoger op gang, die wegens gebrek aan huisvesting werden gegeven van 8.45-20.00 uur. De school was na de bevrijding van Almelo, nl. in gebruik genomen door de Canadese troepen. Op grote schaal werden aan het eind van het jaar leerlingen voorwaardelijk bevorderd. De leerlingen van de hoogste klas kregen dat jaar een diploma uitgereikt zonder examen te doen. Geen van de leerlingen of docenten bleek omgekomen te zijn in de oorlog. Wel veel oud-leerlingen. Hun namen staan vermeld op een steen die ook in het huidige schoolgebouw is aangebracht.
1919-1920 Het voorbereidingsjaar 1920-1930 Het kleine begin van een groot werk 1930-1940 Tegen de verdrukking in 1940-1945 De oorlogsjaren
1945-1960 Laatste jaren aan de Vriezenveenseweg 1960-1970 Er zitten veranderingen in de lucht 1970-1980 Het sociale hart